傅里叶红外光谱（FT-IR）在微生物检测中的应用主要通过分析微生物细胞内组分的红外吸收特征实现快速分型。将红外光谱应用于微生物学的想法利用了这样一个事实，即细胞中的所有生物分子都可以通过吸收红外辐射而被激发振动。由于这些分子中存在单键，且各分子的结构不同，每种分子都会获得特征性的指纹吸收谱图。尽管细菌是由许多不同种类的分子组成的非常复杂的系统，但它们在结构、功能和组成上存在显著差异。正如单分子会产生特定的光谱模式，不同类型的细菌也会产生特定的光谱指纹。